大学が学外の機関や政治勢力から干渉を受けずに、教育・研究に関する事項を自主的に管理・運営するという原則である。学長・教授その他の研究者の人事の自治と、施設・学生の管理の自治のような、大学内部に関することが認められている。保障されるのは、大学の内部行政に関する自主的な決定なのである。